Если пункт деактивируют, поставки от продавцов принимать тоже нельзя?

Нет. Пункт пропадает со всех карт, включая карту для продавцов. Им придётся выбирать, на какой пункт везти отгрузку.

И коробки, которые уже у вас закрыты, надо успеть отдать курьеру до деактивации. Иначе они зависают на пункте.

Про это часто забывают: продавцы приезжают по привычке и упираются в закрытую дверь. Своих постоянных лучше предупредить заранее.